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生物安全柜是一種能夠使用戶免受生物危害的初級防護屏障，其主要原理為：流入氣流能夠在前窗處形成氣流屏障，防止生物危害從安全柜的工作區域意外釋放出來，通過下沉氣流在工作區內形成的氣流屏障來提供樣品保護。
使用前檢查設備標簽或查看生物危害的標識，不要混淆生物安全柜與超凈工作臺。
當前窗高度不在正確的位置或進氣流不在正常范圍內時會伴有聲光報警，安全柜警報響起時請勿繼續操作。
切勿堵塞前排進氣格柵，當進氣格柵被堵住時，前窗處安全保護機制可能會失效，無法確保操作人員的安全，增加樣品污染風險。
請勿在安全柜內放置無關物品，從安全柜內拿出物品前，請將物品進行消毒。
請勿將廢液桶放在安全柜外面，若廢液桶放在安全柜外面，操作人員會將污染物從安全柜內帶到安全柜外。
請勿將高電流設備插在安全柜內的GFCI插座上，務必檢查GFCI插座的最大額定電流，注意不要插吸塵器，以免燒斷保險絲。
請勿使用含氯消毒劑清潔安全柜，含氯消毒劑會引起腐蝕，如果需要清潔殘留污物，請使用去離子水稀釋的異丙醇。
請勿將安全柜作為儲存柜，放置過多無關物品會影響安全柜的氣流模式和防護屏障。
不得在安全柜內操作易燃易爆物品，可燃氣體進入風機電機線圈，若遇火星可能會引起爆炸。
紫外燈開啟時，請勿在安全柜內工作。打開紫外燈前，請確保玻璃前窗完全關閉，避免使用者受到紫外線輻射。
請勿在安全柜內使用明火，熱氣流會影響到安全柜內的氣流模式進而造成污染，使用明火還有可能損壞過濾器甚至發生爆炸事故。
請勿在前窗下方接入管線，如果需要，盡量使用電纜孔接入。
請勿在安全柜內放置大塊或者多個磁鐵，強磁鐵會干擾前窗玻璃傳感器。
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